Conducerea U.A.M.S. Mihăileni este asigurată de către director, care reprezintă instituția în raporturile acesteia cu alte persoane fizice şi juridice, în condițiile legii. Numirea şi eliberarea din funcție a directorului se face prin dispoziție a președintelui Consiliului Județean Botoșani. Directorul U.A.M.S. Mihăileni este ordonator terţiar de credite, îşi exercită drepturile şi îşi asumă obligaţiile prevăzute de lege în această calitate.
În realizarea atribuţiilor sale, directorul este sprijinit de un consiliu consultativ compus din 5 membri:
- doi reprezentanți ai Consiliului Judeţean Botoșani, conform hotărârii consiliului județean;
- un reprezentant al Direcției de Sănatate Publică a Judeţului Botoșani;
- un reprezentant al Agenției Județene pentru Plăți și Inspecție Socială Botoșani;
- un reprezentant al societăţii civile.